Vì thông tin về sự hiện diện và hoạt động của Filiki Eteria không đến được chính quyền Ottoman, Ypsilantis nhanh chóng thúc đẩy sự bùng nổ cách mạng ở Wallachia và trực tiếp tham gia vào sự kiện này. Cách mạng bùng nổ ở các công quốc Danubian đã giúp cho vùng đất này được quyền tự trị dưới ảnh hưởng chung của Nga và Đế quốc Ottoman, đồng thời loại bỏ được các đồn luỹ của Ottoman, trong khi các lãnh đạo địa phương được duy trì một lực lượng vũ trang nhỏ để tự bảo vệ.

Do đó, ngày 22 tháng 2 năm 1821 (O.S.), tháp tùng bởi vài sĩ quan Hy Lạp khác trong quân đội Nga, ông băng qua sông Prut tại Sculeni để đi vào các công quốc. Hai ngày sau, tại Iaşi ông công bố một tuyên cáo, rằng ông có được "sự ủng hộ của một liệt cường" (ám chỉ nước Nga).

Ypsilantis hi vọng rằng một cuộc nổi dậy cuối cùng sẽ dẫn đến sự can thiệp của Nga: do Ottoman sẽ phải xâm lược và đàn áp người nổ dậy, Chính thống giáo Đông phương Nga chắc chắn sẽ can thiệp để bảo vệ đồng minh của họ. Trong việc hi vọng này ông đã không phi lý khi cuối cùng, cuộc nổi dậy của Hy Lạp đã dẫn đến Chiến tranh Nga-Thổ năm 1828 trong đó lính Nga đã hành quân đến khu vực ngoại vi Constantinopolis và buộc Sultan công nhận quyền tự trị của quốc gia Hy Lạp mới. Tuy nhiên vào năm 1821, Nga hoàng Alexandros vẫn là thành viên của Liên minh Thần thánh, và đã nhanh chóng rời xa khỏi Ypsilantis: Bá tước Capodistria tố cáo Ypsilantis đã lạm dụng sự tin cậy của Nga hoàng, tước bỏ quân hàm của ông và yêu cầu ông bỏ vũ khí. Ngay sau đó, Capodistria đã tự mình tước lấy vị trí của ông theo lý do vắng mặt không dứt khoát.

Những bước đi trên đã khuyến khích quân Thổ Nhĩ Kỳ bắt đầu tập hợp một số lượng lớn binh lính đẻ đàn áp cuộc nổi dậy ở Wallachia. Ypsilantis đã đi từ Iaşi đến Bucharest, cố gắng tuyển thêm quân tình nguyện. Kết quả là sau đó Đội thần binh được thành lập, bao gồm những binh sĩ Hy Lạp tình nguyện trẻ tuổi đến từ khắp châu Âu. Ở Bucharest, nơi ông đến được sau vài tuần trì hoãn, ông không nhận ra thực tế rõ ràng rằng không thể dựa vào những chiến binh Pandurs Wallachian để tiếp tục cuộc nổi dậy ở Oltenian nhằm hỗ trợ cho cuộc nổi dậy của Hy Lạp; Ypsilantis không được lãnh đạo Pandur là Tudor Vladimirescu tin tưởng, ông này chỉ là một đồng minh trên danh nghĩa với Eteria. Mục đích khi khởi nghĩa của Vladimirescu là ngăn chặn Scarlat Callimachi không lên ngai vàng ở Bucharest, trong khi vẫn cố gắng duy trì các mối quan hệ với cả Nga và người Ottoman. Ông này sau đó đã nhận được tin người Nga từ bỏ Ypsilantis, điều đó có nghĩa rằng cam kết của ông với Filiki Eteria đã kết thúc, và kết quả là một xung đột nổ ra bên trong trại lính của ông. Cuối cùng, Vladimirescu bị xử tử bởi thành phần ủng hộ Hy Lạp và Eteria.

Trong khi đó, quân Ottoman đã vượt sông Danube với 30.000 binh lính tinh nhuệ, và Ypsilantis thay vì tiến về Brăila, nơi mà người ta cho rằng ông có thể ngăn chặn quân Ottoman đi vào các công quốc và buộc người Nga chấp nhận một việc đã rồi, rút lui và tổ chức lại quân phòng thủ của mình tại một khu vực bán đồi núi gần Iaşi. Theo sau diễn biến một vài trận đánh dẫn tới thất bại của lực lượng Eteria, và cuối cùng là thất bại cuối cùng tại Drăgăşani diễn ra ngày 19 tháng 6.